Mit El Capitan gab es bereits verschiedene Kompatibilitätsprobleme. Unter Anderem liefen Microsofts Officeprogramme auch nach mehreren Patches von Microsoft und Apple unter dem neuen OSnoch nicht rund.

Auch Besitzer von professionellem Audiozubehör können ihre Hardware unter El Capitan zum Teil nicht nutzen. Betroffen sind etwa Produkte des Hifi-Spezialisten Steinberg, Hersteller verschiedener Hard- und Softwareprodukte für den Profibereich.
Wie das Unternehmen mitteilte, kommt es bei allen via USB angeschlossenen Audiointerfaces zu zeitweisen Tonaussetzern im Betrieb. Steinberg kennt den Grund dafür nicht und empfiehlt allen Nutzern einstweilen vom Produktivbetrieb mit seinen Geräten unter OS X 10.11 abzusehen.
Auch das Unternehmen Native Instruments hatte gravierende Probleme mit dem aktuellen Release von OS X. Einige ältere Modelle seiner Traktor-Controller und verschiedene Audiointerfaces konnten im Betrieb eine Kernelpanic auslösen, was im sofortigen und totalen Systemcrash endet. Nutzer dieser Geräte müssen einstweilen auf spezielle Treiber zurückgreifen.
Die aktuelle Produktpalette des Unternehmens läuft unter dem aktuellen OS X inzwischen wieder anstandslos.

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